自动进样器可以在无人照看的情况下进行连续自动进样工作，对于进样样品的基本要求是无微粒和其他能阻塞针头、连接管路和进样阀的物质。在进行样品制备的时候，要在光线下检查样品有无颗粒、浑浊或乳化的现象，必要时用0.5um的过滤器过滤。

样品介质效应和贮存条件不佳，也会导致实验结果的准确度差。如盐水稀释过的血浆样品在小瓶中冷冻后融化进样，振摇小瓶后手动进样精确度好，不经振摇自动进样，峰高逐渐降低。这是因为小瓶冷冻时从顶向下冷冻，因盐析作用使样品中的被分析物沉于瓶底，融化后第一次进样浓度最高，以后瓶中的分析物慢慢扩散，瓶底浓度越来越稀，峰高也越来越低。

为了减少色谱峰加宽效应，样品达到柱之前最后稀释液的强度应小于流动相强度的一半。水溶性混合样品可直接进样，如果样品是从有机溶剂中萃取出来的，则需要进行稀释。用弱溶剂可使样品在柱头浓缩，不会因柱前连接管路使色谱峰变差。